可以搜查车辆的部门包括：
公安机关：
公安机关有权对车辆进行搜查，以收集犯罪证据和查获犯罪嫌疑人。执行搜查时，侦查人员不得少于两人，并且必须向被搜查人出示《搜查证》。
检察机关：
检察机关在侦查刑事案件时，也有权对车辆进行搜查，以收集证据和查获犯罪嫌疑人。
国家安全部门：
国家安全部门在办理刑事案件时，可以实施搜查权。
军队保卫部门：
军队保卫部门在办理刑事案件时，也可以按照管辖范围实施搜查权。
军事检察机关：
军事检察机关在办理刑事案件时，有权对车辆进行搜查。
监狱警察：
监狱警察在办理刑事案件时，也可以实施搜查权。
交通执法大队：
交通执法大队可以依法设立稽查站点，对为公务需求而使用的车辆进行必要的检查操作，但仅限于车辆本身及相关证件的核查。
公安交通管理部门：
公安交通管理部门可以在其所设立的公安交通检查站点对过往车辆进行检查。
交通运输部门：
交通运输部门可以在其所设立的交通检查站点对车辆进行检查。
林业部门：
林业部门可以在其所设立的木材检验站点对过往车辆进行检查。
交警：
交警在特定情况下（如发现违法行为）有权搜查车辆，但必须基于法律规定和执法需求，并且通常不会在高速公路上直接拦车搜查。
授权律师：
在合法理由下，律师也有权查询车辆信息。
建议根据具体情况和需求，选择合适的部门进行车辆搜查。
