餐饮连锁企业缴税的方式如下：
一般纳税人缴税
如果销售额大于规定的金额，餐饮连锁企业需要以一般纳税人的形式进行缴税。这通常适用于大型的餐饮企业和连锁店。在缴税过程中，企业需要在缴纳个人所得税的同时，缴纳企业所得税。企业所得税的计算是将总的收入扣除成本费用后所算出的利润额，然后按相关税率缴税。如果计算出的利润在十万以上，税率为25%；如果是十万以下，税率为20%。
小规模纳税人缴税
很多餐饮企业属于小规模纳税人，这意味着他们适用的综合征收率为3%。在“营改增”之后，小规模纳税人的税负有所降低，相比之前的税率5%，税负将明显减轻。
增值税
餐饮连锁企业的加盟费需要按照6%的税率缴纳增值税。此外，外卖业务也需要交增值税。
个人所得税
企业的员工工资需要代扣代缴个人所得税。
其他税种
餐饮连锁企业还需要缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等附加税费。此外，根据企业的具体情况，可能还需要缴纳房产税、车船税等。
汇总纳税
连锁企业可以申请汇总纳税，这有利于提高纳税申报效率。但是，由于各地财政的争取，规模小的连锁企业很难申请到汇总缴纳，尤其是跨市以外的。
发票管理
外资规模化连锁企业通常按系统账载营业额纳税（查账征收），消费者是否需要发票不会影响商家纳税金额的多少。
建议
餐饮连锁企业应根据自身的规模、业务模式和税务规定，选择合适的纳税方式，确保合法合规经营，降低税务风险。
企业应关注进项税抵扣、成本核算和费用控制，合理利用税收优惠政策，以降低税负。
及时申报纳税，避免逾期罚款，确保企业的税收安全。
