可以扣留手机的部门包括：
在司法实践中，公安机关扣押手机是常见的行为，无论是涉及民事纠纷的当事人还是被刑事拘留的犯罪嫌疑人，其手机作为随身物品，在抓获时往往会被公安机关扣押。
派出所有权扣留手机，但通常情况下，扣押手机需要满足一定条件，例如手机与案件存在直接关联性。在扣押手机后，派出所将对其进行统一保管，待调查工作完成后再行归还。
在司法实践中，手机是否作为作案工具是决定其是否会被返还的关键因素。如果手机被认定为作案工具，那么它通常不会被返还给当事人，而是会被依法没收。
总结：
公安机关和 派出所在特定条件下可以扣留手机，通常涉及刑事案件或民事纠纷。
司法机关在手机被认定为作案工具的情况下，有权依法没收手机。
建议在涉及手机被扣留的情况下，当事人应咨询专业律师以了解具体的法律权益和后续处理程序。
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